栖息地破坏是造成生物多样性丧失的最主要原因。近几十年来，由于全球人口的增长，人与自然的矛盾日益突出，生物多样性也受到了巨大的压力。农业开发、城市化、工程建设等人类活动正日益侵蚀和破坏野生动植物的栖息地。森林覆盖了全球陆地表面面积的三分之一，森林中栖息着一半以上的陆生动物和植物物种。但是全球毁林（主要是转变为农业用地）的速度是非常惊人的。栖息地破坏的一个严重后果是生境破碎化，物种被隔绝在支离破碎的环境中，种群之间的基因交流受到阻隔，影响物种的繁衍。如西双版纳部分地区橡胶园取代森林之后，使得当地特有种白颊长臂猿数量急剧减少，成为世界上最濒危的物种之一。

　　人类的巨大需求以及经济利益的驱动，使全球生物资源遭受过度乃至掠夺式的开发和利用。如果单单满足人类基本生活需求不一定导致物种的灭绝和生境的破坏，自然资源的低效浪费使用和过度消耗也是生物多样性下降的主要因素。偷猎野生动物、滥采野生植物并进行非法贸易，曾经造成了一些珍稀濒危动植物的数量下降并几近灭绝，比较知名的种类有老虎、苏铁、兰科植物等。

　　从20世纪以来，各国记录到的外来物种数量一直在上升。外来入侵物种常常比本地物种具有更强的生存和适应能力，通过压制和排挤本地物种，形成单优势种群，危及本地物种的生存。研究发现，外来物种使本地的哺乳动物、鸟类和两栖动物面临更大的危胁，并且是淡水贝类灭绝的第二大原因。在欧洲的11000种外来物种，有十分之一观察到生态影响。在我国，外来入侵物种已呈现传入数量增多、传入频率加快、蔓延范围扩大、危害加剧、损失加重的态势。

　　联合国政府间气候变化委员会发布的第四次评估报告显示：20世纪全球温度平均上升了0.6度，海平面平均上升了17厘米，极端气候事件的频率和强度也在不断增加。越来越多的数据表明，温度升高、降水格局变化及其他气候极端事件，已经对生态系统的生物多样性造成了影响。目前，气候变化已成为威胁生物多样性的主要因素之一，且预计在今后的几十年中，将越来越成为生物多样性丧失的主要直接驱动力。联合国政府间气候变化委员会的评估认为80% 的物种受到了气候变化的影响，主要表现在以下几个方面：气候变化造成了动植物候期的改变，如植物生物期延长、鸟类迁徙时间改变，而这些已经造成了生态紊乱；气候变化使动植物向高海拔和高纬度地区迁移，而这带来了生态系统的改变；气候变化使物种的栖息环境改变，使病虫害增强，影响了物种的繁衍和种群增长。